Bentuk Keseluruhan : Bulatan melambangkan semangat kerjasama antara guru dengan pelajar manakala bentuk tajam di bahagian atasnya menunjukkan penggembelengan tenaga antara guru dan pelajar untuk mencapai kejayaan.
Buku : Buku merupakan sumber ilmu di sekolah ini yang melambangkan sebagai tempat untuk menimba ilmu pengetahuan. Tahun yang dicatatkan menunjukkan sekolah ditubuhkan pada tahun 1982 Masehi bersamaan dengan tahun 1402 Hijrah.
Empat Lingkaran Cincin Berkait : Melambangkan empat buah rumah sukan. Cincin berkait melambangkan perhubungan dan semangat berkerjasama dalam bidang sukan dan menjadikan sekolah ini sebagai institusi masyarakat yang bersatu padu.
Simbol Sains dan Teknologi : Melambangkan sekolah ini adalah dalam jurusan sains.
Obor : Tenaga pendidik yang berwibawa menjadi penerang kepada pelajar-pelajar untuk mencapai kecemerlangan.
Bendera Terengganu dan Bendera Malaysia : Sekolah Menengah Sains Dungun merupakan Sekolah Berasrama Penuh (Sekolah Persekutuan) yang terletak di Negeri Terengganu.
Warna
Merah : Melambangkan berani menempuh cabaran untuk menuju kejayaan dalam semua bidang dan sentiasa bercita-cita tinggi.
Kuning : Melambangkan perpaduan anatara masyarakat SMSD.
Biru : Melambangkan hidup dalam keadaan harmoni. Pelajar-Pelajar yang berbilang bangsa dan datangnya dari berbagai-bagai negeri bersatupadu dalam usaha meraih kejayaan.
Putih : Tanda kesucian rohani dan jasmani yang melahirkan keikhlasan, kejujuran dan sifat-sifat terpuji dalam segala tindakan.
Motto Sekolah
"BERILMU, BERDISIPLIN, BERBAKTI"
Kejayaan dan kebahagiaan hidup seseorang insan di dunia dan akhirat dapat dicapai dengan mengamalkan segala ilmu pengetahuan, menzahirkan budi pekerti yang mulia dan sanggup berbakti kepada bangsa agama dan negara
